Corona : discussions technico-politiques

[Claudia]

Je suis contente que tu cites cet outil. Encore un exemple d'outil mis au point pas des Services vétérinaires nationaux (le contexte australien: insularité + services centralisés).

Il y a un article du Point intéressant sur les capacités aujourd'hui inutilisées des laboratoires départementaux français, le potentiel offert par des tests de diagnostic vétérinaires pour la détection des coronavirus qui pourraient assez rapidement être utilisés chez l'homme, proposition qui rencontre une certaine résistance d'après l'article, pour des raisons qui me font penser que l'irrationnel dont je parlais plus haut est aux commandes aujourd'hui. Bon c'est un article de presse donc à considérer avec une certaine prudence, mais quand même, si c'est vrai dans les termes exposés, c'est assez dingue.

https://www.lepoint.fr/sante/exclusif-c ... 955_40.php

[Lee]

J'ai lu une information qui adresse une de mes inquiétudes.
"En effet, tant que 60% de la population n'a pas été infectée, l'épidémie peut repartir. C'est le revers du confinement : en protégeant la population, on l'empêche de s'immuniser. Pour vaincre le coronavirus, la gestion de l'après-confinement sera donc cruciale.
Dépistages massifs, confinements ciblés ou périodiques, traçage des contacts des personnes infectées…"
https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/vi ... 55770.html

Mais si j'ai bien compris, on est loin d'avoir les moyens de dépistages massifs...

[floyer]

Oui, Lee. Une fois le nombre de personnes contagieuses sévèrement diminué, nous ne serons pas sorti d’affaire. Il ne suffit que d’une personne contagieuse pour que cela reparte de façon exponentielle.

Il y a deux taux clé : R0 (taux de reproduction de base) : nombre de personnes moyenne qu’une personne contagieuse va contaminer (en fonction des mesures barrières : masque, distance, traçage, etc). R (taux de reproduction effectif) : le taux réel qui prend en considération qu’une part de la population est immunisée. C’est R0 fois la proportion de personnes qui ne sont pas immunisées.

L’épidémie est enrayée lorsque R descend en dessous de 1. Avec un R0 à 2,5, il faudrait 60% de personnes immunisées pour que R descende sous 1. On lit parfois que le R0 est entre 2,5 et 3. À trois, c’est pire, 66%.

Autre approche, diminuer le R0 en multipliant les mesures (distanciation sociale, masque, dépistage+traçage, filtres avec caméras thermiques...) Si R0 est sous le seuil de 1 (comme cela semble l’être en Corée du Sud), il n’est pas nécessaire d’être immunisé.

D’après Marianne, au Japon, il suffit que 80% de la population porte des masques pour enrayer une grippe saisonnière avec un R0 proche du coronarovirus. Mais l’intérêt du masque pour tous ne fait pas l’unanimité : https://www.huffingtonpost.fr/entry/cor ... 4918344e88

[floyer]

@LeLama, je n’ai pas compris les paramètres du calculateur. Incidence, puissance désiré.

Par ailleurs, en lisant que le docteur Raoult faisait passer un taux de personnes positives (mais pas forcément encore guéries) de 90% à 25%, il n’y a pas besoin d’une cohorte très grande pour démontrer avec un très bon intervalle de confiance l’efficacité. Du coup, il me semblait que c’était les biais méthodologiques qui posait problème.

Mais c’est sûr que si la mortalité passe de 1,0% à 0,8%, je m’attendrais à une cohorte plus importante. (Et aussi une évaluation bénéfices/risques... l’hydroxycloroquine n’est pas un médicament anodin).

[leLama]

@LeLama, je n’ai pas compris les paramètres du calculateur. Incidence, puissance désiré.

De ce que j'ai compris, les 2 parametres du bas permettent de calibrer la probabilité d'avoir un faux positif ou un faux negatifs a l'issue du test (le resultat est toujours probabiliste, donc toujours un risque de se tromper...). Je ne touche pas a ces parametres, je les laisse a leur valeur par defaut qui est sans doute choisie de facons sensee. Plus on veut ecarter le risque de faux positifs et de faux negatifs, plus il faut que la cohorte soit grande, evidemment.

L'incidence, si tu testes des fumeurs, ce sera la proportion de gens qui auront un cancer sans fumer. Dans notre cas, au lieu de faire Fumeurs/NonFumeurs, tu fais MaladesSansTraitement/MaladesAvecTraitement qui est l'analogue. L'incidence est donc la proportion de gens avec traitement qui meurent quand meme.

Par ailleurs, en lisant que le docteur Raoult faisait passer un taux de personnes positives (mais pas forcément encore guéries) de 90% à 25%, il n’y a pas besoin d’une cohorte très grande pour démontrer avec un très bon intervalle de confiance l’efficacité. Du coup, il me semblait que c’était les biais méthodologiques qui posait problème.

J'ai peur que tu te sois fait embobiner par la com C'est plus compliqué.
Voici un lien "grand public" qui discute de la foultitude de pbs de l'etude,
http://curiologie.fr/2020/03/chloroquine/
et si tu preferes des discussions techniques entre experts:
https://pubpeer.com/publications/B4044A ... 20F8E0EE#1

[floyer]

Embobiné ? Je ne pense pas. Lorsque l’on a un taux de positif de 90% sans traitement au bout de 6j et seulement 25% avec, je déduis qu’il n’y a pas besoin de beaucoup de cas à étudier pour considérer un test concluant. (Mais je ne sais d’où vient le 90%... j’ai supposé une étude externe sur un « assez grand nombre de cas »). Tu peux calculer avec une loi binomiale la probabilité de tomber à 1 cas positif sur 24, 2 cas, ... 6 cas... tu verras qu’en sommant on trouve une probabilité dérisoire en considérant l’hypothèse H0 selon laquelle le traitement est sans effet (donc probabilité de passer négatif 0,1 à chaque cas). Donc au final un très bon intervalle de confiance.

Mais pour cela, il ne faudrait pas de biais méthodologique. Ainsi, des articles qui critiquent 1/ la faible cohorte, 2/ des biais méthodologiques, je ne retiens que les biais méthodologiques.

Je note de ton article que comparer le 90% issu d’une expérience externe et les 25% de son expérience est un des biais : on ne sais si les deux populations sont sélectionnées de la même façon.

Globalement, je ne suis pas convaincu par l’expérience de Raoult : identification d’une bonne piste (c’est déjà pas mal) mais sans plus.

Pour la réduction de 20%, il est question d’une étude que je n’ai pas suivie... l’écart est plus ténu et nécessite une cohorte plus importante.

[leLama]

Embobiné ? Je ne pense pas. Lorsque l’on a un taux de positif de 90% sans traitement au bout de 6j et seulement 25% avec, je déduis qu’il n’y a pas besoin de beaucoup de cas à étudier pour considérer un test concluant.

En fait le paradoxe est que cet écart important est justement dû à la faiblesse statistique de leur etude. Comme si tu lances un dé seulement une dizaine de fois, tu vas avoir de gros écart entre le pourcentage de réalisation de chacun des nombres de 1 à 6. Si tu le lances 1000 fois, le test devient meilleur statistiquement et les ecarts sont petits.

De ce que j'ai lu, la marge statistique est si faible que la positivité n'est due qu'a des artifices statistiques. Il y a des donnees manquantes qui ont été interpolées. Avec les donnees interpolees, on a un resultat positif. Si on utilise, les donnees brutes, l'etude de Raoult montrerait qu'il n'y a pas d'effet de la chloroquine. L'effet est si faible qu'il est dépendant de la méthode de calcul.

EDIT: le pourcentage de guerison ne suit pas une loi binomiale. Il devient egal a 100% au bout d'un nombre fini de jours.

[floyer]

Tu devrais faire (comme moi) le calcul avec la loi binomiale (ou formule de Bernouilli). Si tu as un pièce pipée 0,9% pile, 0,1% face, sur 24 lancés il faut vraiment beaucoup de hasard pour avoir seulement 25% de pile (ou moins). La probabilité étant très faible, l’intervalle de confiance est très bon.

Plus précisément, la probabilité d’avoir exactement 6 piles est :

0,1^18 . 0,9^6 . C(24,6) = 10^-18 . 0,53 . 134696 = 7 10^-14

Si tu multiplies par 7 pour avoir un majorant de la probabilité d’avoir 6 ou moins cela reste négligeable.


Donc le problème n’est pas la cohorte faible (24), mais plutôt que l’on ne sait pas d’où vient le 0,9 ou plus précisément s’il est comparable aux conditions expérimentales du docteur Raoult.

[leLama]

Je te reponds en mp car c'est trop technique pour le forum.

[Pluton]

Bonjour leLama,

Vous avez écrit à floyer :
"Je te réponds en mp car c'est trop technique pour le forum".

Si la passion qui nous réunit est très éloignée des problèmes d'analyse statistique,
votre discussion avec floyer, malgré son caractère technique, est suivie par les moussaillons du submersible.
Pourriez-vous continuer à la publier (en essayant d'user de termes accessibles à tous/toutes) ?

Cordialement.

Michel